汇文书院
美国基督教会美以美会于1888年在南京成立汇文书院（金陵大学前身），设博物馆（文理科）、医学馆（医科）、和神道馆（神学科）。1910年，宏育书院并入汇文书院，成立私立金陵大学堂，在美国纽约州教育局立案，毕业生可同时接受纽约的大学的学位文凭，并和美国康奈尔大学结为姐妹大学，设有文科、理科、医科、农科、林科和工科。金陵大学毕业生是唯一可以直接申请美国大学研究生院。
金陵大学堂
1915年，根据国民政府教育部令，改名为金陵大学校。
1937年，因抗战爆发，金陵大学西迁，在四川成都华西坝办学。1941年，汪伪政府在金陵大学原址兴办中央大学（伪）。1945年抗战胜利以后，金陵大学回迁，并接收中央大学（伪）。
金陵大学
1949年南京解放，金陵大学获得新生。1951年9月，断绝与美国教会的联系后，李方训任校长，私立金陵大学与私立金陵女子文理学院（原金陵女子大学）合并为公立金陵大学。
1952年，全国高等学校院系调整，金陵大学等西方教会大学撤销建制，金陵大学文学院、理学院与原国立中央大学（后改名为南京大学）文、理学院合并组建新的南京大学（原国立中央大学文、理学院从中央大学旧址迁出至金陵大学鼓楼校址，原国立中央大学最大主体工学院保留在旧址四牌楼校区，其它院系包括农学和师范学院相继迁出）。从此金陵大学校名取消，在金陵大学鼓楼校址由两校文理学院合并组建新的南京大学。
南京大学
金陵大学教育系、农学院、农学院林学系、理学院电机系、化工系、水利系等系科分出，和南京大学等有关大学相关院系组建了南京师范学院（南京师范大学）、南京农学院（南京农业大学）、南京林学院（南京林业大学）、南京工学院（电机系在今东南大学，化工系在今南京工业大学）、华东水利学院（河海大学）等校。电影与广播专修科迁至北京组建电影学校（今北京电影学院）。另有部分院系（经济系，银行系，管理系，文理科系）调至上海复旦大学等高校。
